根据外交部发言人的回应，中方决定召回驻立陶宛大使的主要原因如下：

1. 立陶宛政府的行为：近一段时间，立陶宛政府宣布允许台湾当局以“台湾”名义设立“代表处”。这一行为公然违背了中立两国建交公报精神，严重损害了中国的主权和领土完整。

2. 中国的立场：中方对此表示坚决反对，并决定召回中国驻立陶宛大使，同时要求立陶宛政府召回其驻中国大使。

3. 一个中国原则：中方重申，世界上只有一个中国，中华人民共和国政府是代表全中国的唯一合法政府。一个中国原则是公认的国际关系准则和国际社会普遍共识，是中国同其他国家发展双边关系的政治基础。

4. 警告和敦促：中方敦促立陶宛政府立即纠正错误决定，采取切实措施消除恶劣影响，不要在错误的道路上越走越远。同时，中方也正告台湾当局，“台独”是死路一条，图谋在国际上搞分裂活动绝对不会得逞